Tras una serie de terremotos, el reino submarino de Seatopia envía a Megalon, un escarabajo gigante, y al robot Gigan para destruir el mundo de la superficie. En un intento por detenerlos, el inventor Goro recupera a Jet Jaguar, un robot con pensamiento independiente que había sido robado, y lo manda para que traiga a Godzilla y que éste participe en la lucha.